Licisco Magagnato non è stato un intellettuale rivolto esclusivamente alla contemplazione della bellezza artistica. Assai significativo, in tutta la sua vita, è stato l'impegno politico e civile. Convinto antifascista, nel 1943, entrò nella Resistenza e fece parte della brigata Tre Stelle, attiva nel Basso Vicentino. Membro del Partito d'Azione, dopo che fu sciolto, nel 1947, si schiera con Ugo La Malfa e aderisce al partito Repubblicano, facendo parte nei primi anni Ottanta del consiglio nazionale del partito. Fu presidente della Associazione mazziniana italiana, presidente dell'Istituto veronese per la storia della Resistenza e socio-fondatore dell'Associazione veronese Italia-Israele. Fu docente e socio dell'Accademia Cignaroli e socio dell'Accademia di Agricoltura, scienze e lettere.
Nel 1967, conseguì la libera docenza in storia dell'arte e dal 1970 fu il primo docente di storia dell'arte nel corso di laurea in lingue straniere a Verona, a titolo gratuito. Fece parte di numerose commissioni per la stesura di leggi e di normative in materia di musei, di difesa del paesaggio, ma soprattutto fu consulente dell'allora ministro Giovanni Spadolini per la nascita del ministero dei Beni Culturali, istituito nel 1974. Contribuì alla stesura della legge regionale sulle norme in materia di musei, biblioteche, archivi del 1984. Del resto, come ha scritto Anna Maria Calcagni Conforti, “per il suo modo di intendere la realtà nel suo intero e inscindibile complesso, alla specificità di critico d'arte e di storico dell'arte, Magagnato non poteva disgiungere, quella di uomo impegnato nella gestione della politica: e se lo Stato italiano finì con l'istituire un nuovo ministero a salvaguardia dei beni culturali del Paese, dietro quel difficile raggiungimento stanno anche la sua preveggente intelligenza e la sua grande passione civile”.